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Klinische FragestellungNephrolithiasis, erweitertes panel; Differentialdiagnose

Zusammenfassung

Kurzinformation

Umfassendes differentialdiagnostisches panel für Nephrolithiasis (erweitertes panel) mit 10 Leitlinien-kuratierten sowie insgesamt 52 kuratierten Genen

ID
NP0590
Anzahl Gene
47 Akkreditierte Untersuchung
Untersuchte Sequenzlänge
32,6 kb (Core-/Core-canditate-Gene)
92,5 kb (Erweitertes Panel: inkl. additional genes)
Analyse-Dauer
auf Anfrage
Material
  • EDTA-Blut (3-5 ml)
Diagnostische Hinweise

NGS +

{Sanger]

 

Genpanel

Ausgewählte Gene

NameExon-Länge (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Erbgang
AGXT1179NM_000030.3AR
APRT543NM_000485.3AR
ATP6V0A42523NM_020632.3AR
ATP6V1B11542NM_001692.4AR
CA2783NM_000067.3AR
CLCN52241NM_000084.5XLR
CLDN19675NM_148960.3AR
CYP24A11545NM_000782.5AR
GRHPR987NM_012203.2AR
HOGA1984NM_138413.4AR
HPRT1657NM_000194.3XLR
OCRL2706NM_000276.4XLR
PHEX2250NM_000444.6XL
SLC34A11920NM_003052.5AD, AR
SLC34A31800NM_080877.2AD, AR
SLC36A21452NM_181776.3AR, AD, digenisch
SLC3A12058NM_000341.4AD, AR, digenisch
SLC4A12736NM_000342.4AD, AR
XDH4002NM_000379.4AR
ADCY104374NM_001167749.3AD
BSND963NM_057176.3AR
CASR3237NM_000388.4AD, AR
CFTR4443NM_000492.4AR
CLDN16918NM_006580.4AR
CNNM22628NM_017649.5AD, AR
CYP27B11527NM_000785.4AR
FAM20A1212NM_001243746.2AR
FXYD2201NM_001680.5AD
GNA111080NM_002067.5AD
HNF4A1359NM_175914.4AD
KCNJ11176NM_000220.6AR
SCNN1A2010NM_001038.6AD, AR
SCNN1B1923NM_000336.3AD, AR
SCNN1G1950NM_001039.4AD, AR
SLC12A13300NM_000338.3AR
SLC17A31497NM_001098486.2AD
SLC22A121560NM_001276326.2AR
SLC26A12106NM_022042.4AR
SLC2A91536NM_001001290.2AR, AD
SLC4A43108NM_003759.4AR
SLC7A91464NM_014270.5AD, AR
SLC9A3R11077NM_004252.5AD
STRADA1185NM_001003786.3AR
VDR1284NM_001017535.2AD
VPS33B1854NM_018668.5AR
WNK17149NM_018979.4AD
WNK43732NM_032387.5AD

Infos zur Erkrankung

Klinischer Kommentar

Eine Nephrolithiasis entwickelt sich bevorzugt vom 40.-60. Lebensjahr, aber Steine können in jedem Alter auftreten; 35-50 % der Stein-Patienten entwickeln später weitere Steine. Obwohl es viele Arten von Nierensteinen gibt, werden vier Haupttypen gemäß ihrer Zusammensetzung unterschieden. Bis zu 75% aller Nierensteine bestehen primär aus Kalzium, z.B. aufgrund von Hyperlkalziurie. Zusätzlich können die Steine aus Harnsäure, Zystin oder Phosphat-Salzen bestehenGenetische Veränderungen können das Risiko für die Entstehung von Nierensteinen erhöhen, oft in Kombination mit einer Reihe von Umwelt- und Lebensstilfaktoren. Die meisten der betreffenden Gene übertragen Zellsignale oder transportieren Stoffe in und aus den Zellen. Veränderungen in diesen Genen können die Menge kritischer Stoffe in den Zellen verändern, was zu einem Ungleichgewicht von Mineralien und Verbindungen im Urin führt. Damit erhöht sich die Wahrscheinlichkeit der Steinbildung. Zu den Dispositionen, die das allgemeine Risiko für Nierensteine erhöhen, gehören Fettleibigkeit, Typ-2-Diabetes, entzündliche Darmerkrankungen, Gicht, Hyperparathyreoidismus, renale tubuläre Azidose und wiederkehrende Harnwegsinfektionen. Insgesamt ist das Risiko, an Nephrolithiasis zu erkranken, bei Personen mit erkrankten Verwandten höher als in der Allgemeinbevölkerung. Die Vererbung von Nierenstein-Erkrankungen ist meist multifaktoriell. In den seltenen Fällen eines mendelnden Erbgangs treten alle klassischen Muster auf. Gen-Panels identifizieren eine ursächliche Variante bei etwa 20% der Nephrolithiasis-Patienten im Kindesalter und weniger als 12-15% im Erwachsenenalter (vor dem 25. Lebensjahren bis fast 30%). Die klinische Diagnose kann niemals durch ein negatives DNA-Testergebnis ausgeschlossen werden.

Referenzen: https://jasn.asnjournals.org/content/28/3/748.short

https://jasn.asnjournals.org/content/jnephrol/26/3/543.full.pdf

 

Synonyme
  • Adenine phosphoribosyltransferase deficiency (APRT)
  • Allelic: Amelogenesis imperfecta, type IIA3 (WDR72)
  • Arthrogryposis, renal dysfunction + cholestasis 1 (VPS33B)
  • Arthrogryposis, renal dysfunction + cholestasis 2 (VIPAS39)
  • Cystinuria (SLC3A1, SLC7A9)
  • Dent disease 2 (OCRL)
  • Dent syndrome (CLCN5)
  • Distal renal tubular acidosis 1 (SLC4A1)
  • Distal renal tubular acidosis 2 with progressive sensorineural hearing loss (ATP6V1B1)
  • Distal renal tubular acidosis 3, with/-out sensorineural hearing loss (ATP6V0A4)
  • Distal renal tubular acidosis 4 with hemolytic anemia (SLC4A1)
  • Distal renal tubular acidosis [MONDO:0015827] (WDR72)
  • Fanconi renotubular syndrome 2 (SLC34A1)
  • Hypercalcemia, infantile, 1 (CYP24A1)
  • Hypercalcemia, infantile, 2 (SLC34A1)
  • Hyperglycinuria (SLC36A2)
  • Hyperoxaluria, primary, type I (AGXT)
  • Hyperoxaluria, primary, type II (GRHPR)
  • Hyperoxaluria, primary, type III (HOGA1)
  • Hyperuricemia, HRPT-related (HPRT1)
  • Hypomagnesemia 5, renal, with ocular involvement (CLDN19)
  • Hypophosphatemic rickets, XLD (PHEX)
  • Iminoglycinuria, digenic (SLC36A2)
  • Lesch-Nyhan syndrome (HPRT1)
  • Nephrolithiasis type 1 (CLCN5)
  • Nephrolithiasis/osteoporosis, hypophosphatemic, 1 (SLC34A1)
  • Osteopetrosis, AR 3, with renal tubular acidosis (CA2)
  • Proteinuria, low molecular weight, with hypercalciuric nephrocalcinosis (CLCN5)
  • Xanthinuria, type I (XDH)
  • Xanthinuria, type II (MOCOS)
Erbgänge, Vererbungsmuster etc.
  • AD
  • AR
  • XL
  • XLR
  • digenisch
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatik und klinische Interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboranforderung

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.