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Klinischer BereichUrologie

KrankheitCystische Fibrose (häufigste Mutationen)

Zusammenfassung

ID
MS0019
Anzahl Gene
1
Untersuchte Sequenzlänge
4,3 kb (Core-/Basis-Gene)
- (Erweitertes Panel)
Analyse-Dauer
auf Anfrage
Material
  • EDTA-Blut (3-5 ml)
Diagnostische Hinweise

Stufendiagnostik:

  1. Stufe: ca. 40 der häufigsten Mutationen
  2. Vollsequenzierung (auf Anfrage), wenn Stufe 1 die Fragestellung nicht hinreichend klären konnte

Untersuchungsverfahren und klinische Interpretation

Abschnitte verschiedener Exons und Introns werden mit Hilfe der Polymerase-Kettenreaktion (PCR) aus der DNA des Patienten amplifiziert. Die PCR-Produkte werden mittels allelspezifischer Oligonukleotid- (ASO-) Hybridisierung auf das Vorhandensein von Mutationen, Deletionen und Insertionen mit den folgenden Bezeichnungen untersucht: F508del; I507del; G542X; N1303K; 1717-1G>A; W1282X; G551D; R553X; 3272-26A>G; CFTRdele2,3 (21kb); 3905insT; G85E; 621+1G>T; 1078delT; R347P; R334W; E60X; 2789+5G>A; R1162X; 3659delC; 3849+10kbC>T; 2143delT; A455E; 2183AA>G; 2184delA; 1677delTA; 2184insA; E92X; I336K; Y1092X; M1101K; 2043delG; R1158X, 394delTT, E92K, R117H, R347H, 3120+1G>A, 5T-Variante (IVS8-5T). Die Mutationsbeschreibung nach HGVS-Nomenklatur (http://www.hgvs.org/mutnomen/recs.html) ist auf Wunsch verfügbar.

Durch die durchgeführte Untersuchung werden die häufigsten Mutationen in der mitteleuropäischen Bevölkerung nachgewiesen, wobei die Testsensitivität für Patienten mit manifester Obstruktiver Azoospermie (OA) deutlich unter der bei CF-Patienten liegt. In Abhängigkeit von der tatsächlichen ethnischen Zugehörigkeit kann die Testsensitivität unter Umständen aber auch niedriger sein. Detektionsrate für mitteleuropäische Probanden/Patienten: 89%

Detektionsrate für türkische Probanden/Patienten: 45% -> eine Komplettsequenzierung wird empfohlen.

Eine Übersicht über die unterschiedliche Mutationshäufigkeit je nach Herkunft ist im WHO Report (1) gelistet.

Literatur: (1) http://www.who.int/genomics/publications/en/HGN_WB_04.02_report.pdf

 

Genpanel

Ausgewählte Gene

NameExon-Länge (bp)OMIM-GErbgang
CFTR4260AD und/oder AR

Infos zur Krankheit

Klinischer Kommentar

Die cystische Fibrose (CF; Mukoviszidose) geht bei voller Ausprägung mit schweren Affektionen der Lungen, des Intestinal-Trakts und aller exokrinen Drüsengewebe einher. Bei CF-Patienten ist das Drüsensekret eingedickt und verstopft die abführenden Passagen, besonders in Lunge und Pankreas. Die CF-Symptome können aber stark variieren, sodass einzelne Patienten erst im Erwachsenenalter diagnostiziert werden oder nur zur Infertilität bei Männern führen (Congenitale bilaterale Aplasie des Vas deferens; CBAVD). Erste Krankheitszeichen können andererseits bereits bei Geburt aufscheinen. Die durchschnittliche Lebenserwartung ist in den letzten Jahrzehnten stark angestiegen. Verlauf und (Gen-)Therapie-Möglichkeiten hängen unmittelbar von den im CFTR-Gen aufgefundenen Mutationen ab, die schon im Rahmen des Neugeborenen Screening erfasst werden können. Da mehr als 2000 rekurrente und de novo Mutationen im CFTR-Gen und in seiner regulatorischen Umgebung vorkommen, erbringt die Molekulargenetik mitunter nur eine sicher pathogene Sequenzabweichung. Dann entscheidet die Zusammenschau mit der Klinik über die endgültige Diagnose und Therapie.

Referenz: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1250/

Häufigste Mutationen: F508del; I507del; G542X; N1303K; 1717-1G>A; W1282X; G551D; R553X; 3272-26A>G; CFTRdele2,3 (21kb); 3905insT; G85E; 621+1G>T; 1078delT; R347P; R334W; E60X; 2789+5G>A; R1162X; 3659delC; 3849+10kbC>T; 2143delT; A455E; 2183AA>G; 2184delA; 1677delTA; 2184insA; E92X; I336K; Y1092X; M1101K; 2043delG; R1158X, 394delTT, E92K, R117H, R347H, 3120+1G>A, 5T-variant (IVS8-5T).

Detektionsrate in Mittel-Europa: 89%

 

Synonyme
  • Allelic: Bronchiectasis with/without elevated sweat chloride 1, modifier of
  • Allelic: Congenital bilateral absence of vas deferens
  • Allelic: Hypertrypsinemia, neonatal
  • Allelic: Pancreatitis, hereditary idiopathic
  • Allelic: Sweat chloride elevation without CF
  • Cystic fibrosis, CF
  • Mucoviscidosis
  • Mukoviszidosis
  • Zystische Fibrose
Erbgänge, Vererbungsmuster etc.
  • AD und/oder AR
OMIM-Ps
ICD10 Code
E84.9

Bioinformatik und klinische Interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboranforderung

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.