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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
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IllnessWaardenburg syndrome I-IV, differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Waardenburg syndrome I-IV comprising 7 core-candidate genes and altogether 11 curated genes according to the clinical signs

ID
WP0030
Number of genes
10 Accredited laboratory test
Examined sequence length
8,6 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
13,5 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

[Sanger]

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
EDN3717NM_207034.3AD, AR
EDNRB1329NM_000115.5AD, AR
MITF1260NM_000248.4AD, AR
PAX31440NM_181457.4AD, AR
SNAI2807NM_003068.5AR
SOX101401NM_006941.4AD
TYR1590NM_000372.5AR, AD, digenisch
GJB2681NM_004004.6AD, AR, digenisch
KIT2931NM_000222.3AD, AR
SMOC11308NM_001034852.3AR

Informations about the disease

Clinical Comment

Waardenburg Syndrome includes genetically determined hearing loss and pigmentation changes in hair, skin and eyes. Congenital hearing loss can occur in one or both ears, but most patients hear normally. There are four different types of Waardenburg Syndrome: types I and II have similar characteristics - only type I is associated with Telecanthus. In type II, hearing loss is more common. Type III (also known as Klein-Waardenburg syndrome) includes prominent upper limbs with hearing loss and pigmentary changes. Type IV (also known as Waardenburg-Shah syndrome) combines Waardenburg syndrome and Hirschsprung disease. The symptoms vary even among family members. Type I/III is caused by PAX3 mutations, type II by MITF or SNAI2 changes, type IV by SOX10, EDN3 or EDNRB mutations. Both autosomal dominant and recessive inheritance patterns are obvious with incomplete penetrance and variable expressivity. Rare is type IIA due to digenic inheritance via MITF and TYR gene mutations. Sporadic mutations occur mainly in Type I. The diagnostic sensitivity of DNA tests has not yet been sufficiently investigated. Therefore, an inconspicuous genetic finding does not mean a reliable exclusion of a suspected clinical diagnosis.

(Basic diagnostic genes: ###; additional genes: ###)

Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1531/

https://rarediseases.org/rare-diseases/waardenburg-syndrome/

 

Synonyms
  • PCWH: Periph. demyel. neuropathy, Centr. dysmyelination, Waardenburg syndrome, Hirschsprung disease
  • Alias: Auditory-pigmentary syndrome
  • Allelic: ABCD syndrome (EDNRB)
  • Allelic: Albinism, oculocutaneous, type IA (TYR)
  • Allelic: Albinism, oculocutaneous, type IB (TYR)
  • Allelic: Bart-Pumphrey syndrome (GJB2)
  • Allelic: COMMAD syndrome (MITF)
  • Allelic: Central hypoventilation syndrome, congenital (EDN3)
  • Allelic: Craniofacial-deafness-hand syndrome (PAX3)
  • Allelic: Deafness, AD 69, unilateral or asymmetric (KITLG)
  • Allelic: Gastrointestinal stromal tumor, familial (KITLG)
  • Allelic: Hirschsprung disease, susceptibility to, 2 (EDNRB)
  • Allelic: Hirschsprung disease, susceptibility to, 4 (EDN3)
  • Allelic: Hyperpigmentation with/-out hypopigmentation (KITLG)
  • Allelic: Hystrix-like ichthyosis with deafness (GJB2)
  • Allelic: Mastocytosis, cutaneous (KIT)
  • Allelic: Melanoma, cutaneous malignant, susceptibility to, 8 (MITF)
  • Allelic: Melanoma, cutaneous malignant, susceptibility to, 8 (TYR)
  • Allelic: Microphthalmia with limb anomalies (SMOC1)
  • Allelic: PCWH syndrome (SOX10)
  • Allelic: Piebaldism (KIT, SNAI2)
  • Allelic: Rhabdomyosarcoma 2, alveolar (PAX3)
  • Allelic: Skin/hair/eye pigmentation 3, blue/green eyes (TYR)
  • Allelic: Skin/hair/eye pigmentation 3, light/dark/freckling skin (TYR)
  • Allelic: Skin/hair/eye pigmentation 7, blond/brown hair (KITLG)
  • Allelic: Tietz albinism-deafness syndrome (MITF)
  • Mastocytosis, cutaneous (KITLG)
  • Piebaldism (KITLG)
  • Waardenburg syndrome, type 1 (PAX3)
  • Waardenburg syndrome, type 2 [panelapp red] (MITF)
  • Waardenburg syndrome, type 2A (MITF)
  • Waardenburg syndrome, type 2D (SNAI2)
  • Waardenburg syndrome, type 2E, with/-out neurologic involvement (SOX10)
  • Waardenburg syndrome, type 2F (KITLG)
  • Waardenburg syndrome, type 3 (PAX3)
  • Waardenburg syndrome, type 4A (EDNRB)
  • Waardenburg syndrome, type 4B (EDN3)
  • Waardenburg syndrome, type 4C (SOX10)
  • Waardenburg syndrome/albinism, digenic (TYR)
  • Waardenburg syndrome/ocular albinism, digenic (MITF)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • digenisch
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.