IllnessStomach cancer, predisposition

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel to investigate the predisposition for stomach cancer comprising 2 guideline-curated genes, 15 additional genes mentioned in guidelines genes and altogether 32 curated genes according to the clinical signs

MP0060

Number of loci

Locus type	Count
Gen	30

Accredited laboratory test

Examined sequence length

23,0 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
85,5 kb (Extended panel: incl. additional genes)

Analysis Duration

on request

Test material

EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)

Diagnostic indications

NGS +

[Sanger]

Loci

Gen

Name	Exon Length (bp)	OMIM-G	Referenz-Seq.	Heredity
CDH1	2649	192090	NM_004360.5	AD, Sus
CTNNA1	2721	116805	NM_001903.5	n.k., Sus
EPCAM	945	185535	NM_002354.3	AD, Sus
KIT	2931	164920	NM_000222.3	AD, Sus
MLH1	2271	120436	NM_000249.4	AD, Sus
MSH2	2805	609309	NM_000251.3	AD, AR, Sus
MSH6	4083	600678	NM_000179.3	AD, Sus
PMS2	2589	600259	NM_000535.7	AR, Sus, AD
SDHA	1995	600857	NM_004168.4	AD, Sus
APC	8532	611731	NM_000038.6	AD, Sus
ATM	9171	607585	NM_000051.4	AR, Sus
BMPR1A	1599	601299	NM_004329.3	AD, Sus
BRCA2	10257	600185	NM_000059.4	AD, AR, Sus
CHEK2	1632	604373	NM_007194.4	AD, Sus
ERBB2	3768	164870	NM_004448.4	Sus
ERCC6	4482	609413	NM_000124.4	AR, Sus
ERCC8	1191	609412	NM_000082.4	AR, Sus
IL1B	810	147720	NM_000576.3	Sus
IL1RN	543	147679	NM_173841.3	Sus
IRF1	978	147575	NM_002198.3	Sus
KRAS	567	190070	NM_004985.5	AD, Sus
MAP3K6	3867	604468	NM_004672.5	Sus
MUTYH	1650	604933	NM_001128425.2	AR, Sus
PALB2	3561	610355	NM_024675.4	AD, Sus
PIK3CA	3207	171834	NM_006218.4	Sus
PTEN	1212	601728	NM_000314.8	AD
SMAD4	1659	600993	NM_005359.6	AD, Sus
SPRED1	1335	609291	NM_152594.3	Sus, AD
STK11	1302	602216	NM_000455.5	AD, Sus
TP53	1182	191170	NM_000546.6	AD, Sus

Informations about the disease

Clinical Comment

Gastric cancer is the third leading cause of malignancy death worldwide with the highest rates in East Asia, South America and Eastern Europe. Familial predisposition to the disease exists in 15% of those affected. Environmental risk factors for gastric cancer include smoking, smoked foods, salted fish/meat, pickled vegetables, Helicobacter pylori infection, adenomatous polyps, chronic atrophic gastritis etc. Hereditary syndromes predisposing to gastric cancer include hereditary diffuse gastric cancer (HDGC), Lynch syndrome, familial adenomatous polyposis, juvenile polyposis and Peutz-Jeghers syndrome. A fairly large number of other genes each contribute to gastric cancer predisposition with a very small increase in risk. HDGC is the most common genetic predisposing syndrome for gastric cancer, with germline mutations of the E-cadherin gene (CDH1) detected in 30-50% of diffuse-type gastric cancers. Families harboring these mutations have an autosomal dominant inheritance pattern with very high penetrance; most other gastric cancers appear to be multifactorial. Negative molecular genetic results by no means exclude clinical diagnosis.

Reference: https://doi.org/10.1016/S2468-1253(18)30237-1

Synonyms

Alias: Hereditary diffuse gastric adenocarcinoma
Alias: Predisposition to gastric cancer
Allelic: Adenomas, multiple colorectal (MUTYH)
Allelic: Adenomatous polyposis coli (APC)
Allelic: Adrenocortical carcinoma, pediatric (TP53)
Allelic: Arteriovenous malformation of the brain, somatic (KRAS)
Allelic: Autism syndrome (PTEN)
Allelic: Basal cell carcinoma 7 (TP53)
Allelic: Bladder cancer, somatic (KRAS)
Allelic: Blepharocheilodontic syndrome 1 (CDH1)
Allelic: Bone marrow failure syndrome 5 (TP53)
Allelic: Brain tumor-polyposis syndrome 2 (APC)
Allelic: Breast cancer, lobular (CDH1)
Allelic: Breast cancer, male, susceptibility to (BRCA2)
Allelic: Breast cancer, somatic (KRAS, TP53)
Allelic: Breast cancer, somatic (TP53)
Allelic: Breast cancer, susceptibility to (ATM, PALB2)
Allelic: Breast-ovarian cancer, familial, 2 (BRCA2)
Allelic: Cardiofaciocutaneous syndrome 2 (KRAS)
Allelic: Cardiomyopathy, dilated, 1GG (SDHA)
Allelic: Choroid plexus papilloma (TP53)
Allelic: Colorectal cancer (TP53)
Allelic: Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 1 (MSH2)
Allelic: Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 2 (MLH1)
Allelic: Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 4 (PMS2)
Allelic: Colorectal cancer, hereditary nonpolyposis, type 5 (MSH6)
Allelic: Colorectal cancer, somatic (APC)
Allelic: Cowden syndrome 1 (PTEN)
Allelic: Desmoid disease, hereditary (APC)
Allelic: Endometrial cancer, familial (MSH6)
Allelic: Endometrial carcinoma, somatic (CDH1)
Allelic: Exudative vitreoretinopathy [MONDO:0019516] (CTNNA1)
Allelic: Fanconi anemia, complementation group D1 (BRCA2)
Allelic: Fanconi anemia, complementation group N (PALB2)
Allelic: Gardner syndrome (APC)
Allelic: Glioblastoma 3 (BRCA2)
Allelic: Glioma susceptibility 1 (TP53)
Allelic: Hepatocellular carcinoma, somatic (TP53)
Allelic: Interleukin 1 receptor antagonist deficiency (IL1RN)
Allelic: Leukemia, acute myeloid, somatic (KRAS)
Allelic: Lhermitte-Duclos syndrome (PTEN)
Allelic: Lung cancer, somatic (KRAS)
Allelic: Lymphoma, B-cell non-Hodgkin, somatic (ATM)
Allelic: Lymphoma, mantle cell, somatic (ATM)
Allelic: Macrocephaly
Allelic: Macular dystrophy, patterned, 2 (CTNNA1)
Allelic: Mastocytosis, cutaneous (KIT)
Allelic: Medulloblastoma (BRCA2)
Allelic: Microvascular complications of diabetes 4 (IL1RN)
Allelic: Mismatch repair cancer syndrome (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2)
Allelic: Mitochondrial complex II deficiency, nuclear type 1 (SDHA)
Allelic: Muir-Torre syndrome (MLH1)
Allelic: Muir-Torre syndrome (MLH1, MSH2)
Allelic: Nasopharyngeal carcinoma, somatic (TP53)
Allelic: Neurodegeneration with ataxia and late-onset optic atrophy (SDHA)
Allelic: Noonan syndrome 3 (KRAS)
Allelic: Oculoectodermal syndrome, somatic (KRAS)
Allelic: Osteosarcoma (TP53)
Allelic: Ovarian cancer, somatic (CDH1)
Allelic: Pancreatic cancer 2 (BRCA2)
Allelic: Pancreatic cancer, susceptibility to, 3 (PALB2)
Allelic: Pancreatic carcinoma, somatic (KRAS, TP53)
Allelic: Paragangliomas 5 (SDHA)
Allelic: Piebaldism (KIT)
Allelic: Prostate cancer (BRCA2)
Allelic: Prostate cancer, susceptibility to (CDH1)
Allelic: RAS-associated autoimmune leukoproliferative disorder (KRAS)
Allelic: Schimmelpenning-Feuerstein-Mims syndrome, somatic mosaic (KRAS)
Allelic: T-cell prolymphocytic leukemia, somatic (ATM)
Allelic: Wilms tumor (BRCA2)
Ataxia-telangiectasia (ATM)
Barrett esophagus/esophageal adenocarcinoma (MSR1)
Gastric adenocarcinoma + proximal polyposis of the stomach (APC)
Gastric cancer risk after H. pylori infection (IL1B, IL1RN)
Gastric cancer, hereditary diffuse, with/-out cleft lip and/or palate (CDH1)
Gastric cancer, somatic (KRAS)
Gastric cancer, somatic (MUTYH)
Gastrointestinal stromal tumor, familial (KIT)
Hereditary Diffuse Gastric Cancer predisposing (CTNNA1)
Li-Fraumeni syndrome (TP53)
Mismatch repair cancer syndrome 1, 2, 3, 4 (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2)
Peutz-Jeghers syndrome (STK11)

Heredity, heredity patterns etc.

AD
AR
Sus
n.k.

OMIM-Ps

Multiple OMIM-Ps

ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

DAkkS-akkreditiertes Labor
EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
Gen-Konversionen
komplexe Inversionen
Balancierte Translokationen
Mitochondriale Varianten
Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
niedriger Mosaik-Status
Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
Varianten innerhalb von Pseudogenen
die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.