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IllnessSensenbrenner syndrome, differential diagnosis

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Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Sensenbrenner syndrome comprising 6 core genes and altogether 28 curated genes according to the clinical signs

ID
SP0790
Number of loci
Locus typeCount
Gen 25
Accredited laboratory test
Examined sequence length
17,9 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
87,6 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

 

Loci

Gen

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
IFT1223879NM_052985.4AR
IFT1404389NM_014714.4AR
IFT43642NM_052873.3AR
IFT521327NM_001303458.3AR
WDR194029NM_025132.4AR
WDR353546NM_001006657.2AR
CEP1202961NM_153223.4AR
CEP2907440NM_025114.4AR
DYNC2H112945NM_001080463.2AR, digenisch
DYNC2LI11438NM_016008.4AR
DYNLT2B429AR
EVC2979NM_153717.3AD, AR
EVC23927NM_147127.5AD, AR
IFT1725250NM_015662.3AR
IFT802334NM_020800.3AR
IFT812158NM_001143779.2AR
INTU2829NM_015693.4AR
IQCB11797NM_001023570.4AR
KIAA05865005NM_001244189.2AR
NEK13777NM_012224.4AR
NPHP12202NM_000272.5AR
NPHP44281NM_015102.5AR
SDCCAG82142NM_006642.5AR
TRAF3IP11878NM_001139490.1AR
TTC21B3951NM_024753.5AD, AR

Informations about the disease

Clinical Comment

Congenital skeletal + ectodermal defects associated with dysmorphic features, nephronophthisis, hepatic fibrosis, ocular anomalies (mainly retinitis pigmentosa)

DPH1 mutations: AR intellectual disability with short stature, craniofacial, ectodermal anomalies

DD: Jeune asphyxiating thoracic dystrophy (IFT80 mutations), Mainzer-Saldino syndrome (IFT140 mutations), Ellis-van Creveld syndrome (EVC/EVC2 mutations), short rib-polydactyly syndromes (SRPS I-V); Senior-Loken syndrome (WDR19 mutations); EEM syndrome, i.e. ectodermal dysplasia, ectrodactyly [split hand-split foot malformation], progressive macular dystrophy (CDH3 mutations)

 

Synonyms
  • Alias: Cranioectodermal dysplasia 1, 2, 3, 4
  • Alias: Dysplasie, kranioektodermale 1-4
  • Alias: Levin syndrome 1
  • Allelic: Bardet-Biedl syndrome 14 (CEP290)
  • Allelic: Bardet-Biedl syndrome 16 (SDCCAG8)
  • Allelic: Bardet-Biedl syndrome 20 IFT172)
  • Allelic: Joubert syndrome 23 (KIAA0586)
  • Allelic: Joubert syndrome 31 (CEP120)
  • Allelic: Joubert syndrome 4 (NPHP1)
  • Allelic: Joubert syndrome 5 (CEP290)
  • Allelic: Leber congenital amaurosis 10 (CEP290)
  • Allelic: Meckel syndrome 4 (CEP290)
  • Allelic: Nephronophthisis 1, juvenile (NPHP1)
  • Allelic: Nephronophthisis 13 (WDR19)
  • Allelic: Nephronophthisis 4 (NPHP4)
  • Allelic: Orofaciodigital syndrome XVII (INTU)
  • Allelic: Retinitis pigmentosa 71 (IFT172)
  • Allelic: Retinitis pigmentosa 80 (IFT140)
  • Allelic: Retinitis pigmentosa 81 (IFT43)
  • Allelic: Senior-Loken syndrome 8 (WDR19)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 10 with/-out polydactyly (IFT172)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 11 with/-out polydactyly (WDR34)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 13 with/-out polydactyly (CEO120)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 14 with polydactyly (KIAA0586)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 15 with polydactyly (DYNC2LI1)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 16 with/-out polydactyly (ITF52)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 18 with polydactyly (IFT43)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 19 with/-out polydactyly (IFT81)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 2 with/-out polydactyly (IFT80)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 20 with polydactyly )INTU)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 3 with/-out polydactyly (DYNC2H1)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 5 with/-out polydactyly (WDR19)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 6 with/-out polydactyly (NEK1)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 7 with/-out polydactyly (WDR35)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 8 with/-out polydactyly (WDR8)
  • Allelic: Short-rib thoracic dysplasia 9 with/-out polydactyly (IFT140)
  • Cranioectodermal dysplasia 1 (IFT122)
  • Cranioectodermal dysplasia 2 (WDR35)
  • Cranioectodermal dysplasia 3 (IFT43)
  • Cranioectodermal dysplasia 4 (WDR19)
  • Cranioectodermal dysplasia [genereviews] (IFT140)
  • Cranioectodermal dysplasia [genereviews] (IFT52)
  • Ellis-van Creveld syndrome (EVC, EVC2)
  • Joubert syndrome [panelapp] (KIAA0753)
  • Orofaciodigital syndrome XV (KIAA0753)
  • Orofaciodigital syndrome XVII (INTU)
  • Senior-Loken syndrome 1 (NPHP1)
  • Senior-Loken syndrome 4 (NPHP4)
  • Senior-Loken syndrome 5 (IQBC1)
  • Senior-Loken syndrome 6 (CEP290)
  • Senior-Loken syndrome 7 (SDCCAG8)
  • Senior-Loken syndrome 9 (TRAF3IP1)
  • Short-rib thoracic dysplasia 17 with/-out polydactyly (TXTEX1D2)
  • Short-rib thoracic dysplasia 19 with or without polydactyly (IFT81)
  • Short-rib thoracic dysplasia 20 with polydactyly (INTU)
  • Short-rib thoracic dysplasia 21 without polydactyly (KIAA0753)
  • Weyers acrofacial dysostosis (EVC, EVC2)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • digenisch
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.