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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessPendred syndrome, differential diagnosis

Summary

Short information

A curated panel containing 3 core/core candidate gene and altogether 9 genes, respectively, for the comprehensive differential diagnostic analysis of the suspected Pendred syndrome

ID
PP8010
Number of genes
8 Accredited laboratory test
Examined sequence length
4,7 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
12,1 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

[Sanger]

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
FOXI11137NM_012188.5AR, digenisch
KCNJ101140NM_002241.5AR, digenisch
SLC26A42343NM_000441.2AR, digenisch
EYA11779NM_000503.6AD
NKX2-11206NM_001079668.3AD
SIX1855NM_005982.4AD
SIX52220NM_175875.5AD
THRB1386NM_000461.5AD, AR

Informations about the disease

Clinical Comment

Pendred syndrome (PDS) is clinically diagnosed in the patient with sensorineural hearing loss (SNHL), characteristic temporal bone abnormalities and euthyroid goiter. The clinical diagnosis of nonsyndromic enlarged vestibular aqueduct (NSEVA) is made in a patient with SNHL and enlarged vestibular aqueducts. Goiter may develop in Pendred syndrome in only half of affected individuals in late childhood to early adulthood, whereas this is never the case in NSEVA. PDS/NSEVA encompasses a spectrum of SNHL that is usually congenital, often severe to profoundly marked with vestibular dysfunction and bilaterally enlarged vestibular aqueduct with or without cochlear hypoplasia. At least 50% of patients with Pendred syndrome and/or NSEVA have biallelic mutations in the SLC26A4 gene or double heterozygosity for a pathogenic variant in the SLC26A4 gene and a mutation in FOXI1 or in the KCNJ10 gene according to the digenic inheritance pattern. The DNA diagnostic yield in an EVA cohort was 68% in a Chinese cohort.

Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1467/

 

Synonyms
  • Alias: Deafness with goiter
  • Allelic: Anterior segment anomalies with/-out cataract (EYA1)
  • Allelic: Deafness, AR 4, with enlarged vestibular aqueduct, EVA (SLC26A4)
  • Allelic: Thyroid cancer, nonmedullary, 1 (NKX2-1)
  • Branchiootic syndrome 1 (EYA1)
  • Branchiootic syndrome 3 (SIX1)
  • Branchiootorenal syndrome 1, with/-out cataracts (EYA1)
  • Branchiootorenal syndrome 2 (SIX5)
  • Chorea, hereditary benign (NKX2-1)
  • Choreoathetosis, hypothyroidism + neonatal respiratory distress (NKX2-1)
  • Deafness, AD 23 (SIX1)
  • Enlarged vestibular aqueduct [EVA] (FOXI1)
  • Enlarged vestibular aqueduct [EVA], Dig (KCNJ10)
  • Otofaciocervical syndrome (EYA1)
  • SESAME syndrome: SEizures, Sensorin. deafness, Ataxia, Ment. retard., Electrolyte imbal. (KCNJ10)
  • Thyroid hormone resistance (THRB)
  • Thyroid hormone resistance, AR (THRB)
  • Thyroid hormone resistance, selective pituitary (THRB)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • digenisch
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.