Deutsch
IllnessNephronophthisis, tubulointerstitial kidney disease; differential diagnosis
Summary
Short information
Comprehensive differential diagnostic panel for Nephronophthisis, tubulointerstitial kidney disease, comprising 7 core candidate genes and altogether 33 curated genes according to the clinical signs
ID
NP0630
Number of loci
| Locus type | Count |
|---|---|
| Gen | 30 |
Examined sequence length
25,9 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
80,8 kb (Extended panel: incl. additional genes)
80,8 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Test material
- EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications
NGS +
{Sanger]
Loci
Gen
| Name | Exon Length (bp) | OMIM-G | Referenz-Seq. | Heredity |
|---|---|---|---|---|
| CEP290 | 7440 | NM_025114.4 | AR | |
| INVS | 3198 | NM_014425.5 | AR | |
| IQCB1 | 1797 | NM_001023570.4 | AR | |
| NPHP1 | 2202 | NM_000272.5 | AR | |
| NPHP3 | 3993 | NM_153240.5 | AR | |
| NPHP4 | 4281 | NM_015102.5 | AR | |
| TMEM67 | 2988 | NM_153704.6 | AR | |
| AGXT | 1179 | NM_000030.3 | AR | |
| ANKS6 | 2616 | NM_173551.5 | AR | |
| CEP164 | 4383 | NM_014956.5 | AR | |
| CEP83 | 2106 | NM_001042399.2 | AR | |
| DCDC2 | 1431 | NM_016356.5 | AR | |
| DNAJB11 | 1250 | NM_016306.6 | AD | |
| FAN1 | 1602 | NM_001146094.2 | AR | |
| GATM | 1272 | NM_001482.3 | AR | |
| GLIS2 | 1575 | NM_032575.3 | AR | |
| HNF1B | 1674 | NM_000458.4 | AD | |
| IFT172 | 5250 | NM_015662.3 | AR | |
| MAPKBP1 | 4585 | NM_001128608.2 | AR | |
| MUC1 | 822 | NM_002456.6 | AD | |
| NEK8 | 2079 | NM_178170.3 | AR | |
| REN | 1221 | NM_000537.4 | AD | |
| RPGRIP1L | 3948 | NM_015272.5 | AR | |
| SDCCAG8 | 2142 | NM_006642.5 | AR | |
| SEC61A1 | 623 | NM_013336.4 | AD | |
| TTC21B | 3951 | NM_024753.5 | AD, AR | |
| UMOD | 1923 | NM_003361.4 | AD | |
| WDR19 | 4029 | NM_025132.4 | AR | |
| XPNPEP3 | 1524 | NM_022098.4 | AR | |
| ZNF423 | 3675 | NM_015069.5 | AR |
Informations about the disease
Clinical Comment
Renal ciliopathy with reduced renal ability to concentrate solutes, chronic tubulointerstitial nephritis, cystic renal disease, progression to ESRD. 3 clinical subtypes by age of onset: infantile, juvenile, late onset
Synonyms
- Alias: Tubulointerstitial kidney disease
- Alias: Tubulointerstitial nephritis
- Bardet-Biedl syndrome 14 (CEP290)
- Bardet-Biedl syndrome 14, modifier of (TMEM67)
- Bardet-Biedl syndrome 16 (SDCCAG8)
- COACH syndrome (RPGRIP1L, TMEM67)
- COACH syndrome 2 (CC2D2A)
- Fanconi renotubular syndrome 1 (GATM)
- Glomerulocystic kidney disease, hyperuricemia + isosthenuria (UMOD)
- Hyperoxaluria, primary, type 1 (AGXT)
- Hyperproreninemia (REN)
- Hyperuricemic nephropathy, familial juvenile 1 (UMOD)
- Hyperuricemic nephropathy, familial juvenile 2 (REN)
- Interstitial nephritis, karyomegalic (FAN1)
- Joubert syndrome 19 (ZNF423)
- Joubert syndrome 3 (AHI1)
- Joubert syndrome 4 (NPHP1)
- Joubert syndrome 5 (CEP290)
- Joubert syndrome 6 (TMEM67)
- Joubert syndrome 7 (RPGRIP1L)
- Joubert syndrome 9 (CC2D2A)
- Leber congenital amaurosis 10 (CEP290)
- Meckel syndrome 3 (TMEM67)
- Meckel syndrome 4 (CEP290)
- Meckel syndrome 5 (RPGRIP1L)
- Meckel syndrome 6 (CC2D2A)
- Meckel syndrome 7 (NPHP3)
- Medullary cystic kidney disease 1 (MUC1)
- Medullary cystic kidney disease 2 (UMOD)
- Nephronophthisis 1, juvenile (NPHP1)
- Nephronophthisis 11 (TMEM67)
- Nephronophthisis 12 (TTC21B)
- Nephronophthisis 13 (WDR19)
- Nephronophthisis 14 (ZNF423)
- Nephronophthisis 15 (CEP164)
- Nephronophthisis 16 (ANKS6)
- Nephronophthisis 18 (CEP83)
- Nephronophthisis 19 (DCDC2)
- Nephronophthisis 2, infantile (INVS)
- Nephronophthisis 20 (MAPKBP1)
- Nephronophthisis 3 (NPHP3)
- Nephronophthisis 4 (NPHP4)
- Nephronophthisis 7 (GLIS2)
- Nephronophthisis 9 (NEK8)
- Nephronophthisis-related ciliopathy [panelapp] (ADAMTS9)
- Nephronopthisis-like nephropathy 1 (XPNPEP3)
- Polycystic kidney disease 6 with/-out polycystic liver disease (DNAJB11)
- RHYNS syndrome (TMEM67)
- Renal cysts and diabetes syndrome (HNF1B)
- Renal tubular dysgenesis (REN)
- Renal-hepatic-pancreatic dysplasia 1 (NPHP3)
- Renal-hepatic-pancreatic dysplasia 2 (NEK8)
- Senior-Loken syndrome 1 (NPHP1)
- Senior-Loken syndrome 4 (NPHP4)
- Senior-Loken syndrome 5 (IQCB1)
- Senior-Loken syndrome 6 (CEP290)
- Senior-Loken syndrome 7 (SDCCAG8)
- Senior-Loken syndrome 8 (WDR19)
- Spinocerebellar ataxia 10 (ATXN10)
- Tubulointerstitial kidney disease, AD, 5 (SEC61A1)
Heredity, heredity patterns etc.
- AD
- AR
OMIM-Ps
- Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code
Bioinformatics and clinical interpretation
Test-Stärken
- DAkkS-akkreditiertes Labor
- EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
- Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
- Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
- Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
- eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
- unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
- unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
- unsere umfassenden klinischen Aussagen
Testeinschränkungen
- Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
- Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
- es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
- die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
- Gen-Konversionen
- komplexe Inversionen
- Balancierte Translokationen
- Mitochondriale Varianten
- Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
- nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
- niedriger Mosaik-Status
- Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
- Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
- Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
- Varianten innerhalb von Pseudogenen
- die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde
Laboratory requirement
Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.