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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessHypospadia, differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Hypospadia containing 15 guideline-curated and altogether <40 curated genes according to the clinical signs

ID
HP9871
Number of genes
13 Accredited laboratory test
Examined sequence length
18,8 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
25,5 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

[Sanger]

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
AR2763NM_000044.6XLR
ATRX7479NM_000489.6XL
HSD17B3933NM_000197.2AR
HSD3B21119NM_000198.4AR
MAMLD12325NM_005491.4XLR
NR0B11413NM_000475.5XL
NR5A11386NM_004959.5AD, AR
SRD5A2764NM_000348.4AR
SRY615NM_003140.3YL
DHCR71428NM_001360.3AR
HOXA131167NM_000522.5AD
MID12004NM_000381.4XLR
POR2043NM_001395413.1AR

Informations about the disease

Clinical Comment

In hypospadias, the meatus urethrae externus may have various malpositions. In most patients, hypospadia is an isolated malformation, but in some cases it may occur with additional genito-urinary malformations. The most common malformations associated with proximal hypospadias are cryptorchidism and inguinal hernias. Hypospadias are also associated with up to 200 different syndromes, e.g., WAGR complex, Denys-Drash, Smith-Lemli-Opitz, Wolff-Hirschhorn and CHARGE syndromes. Overall, the heritability of hypospadias appears to be approximately 67%. In general, a combination of environmental influences and genetic susceptibility causes isolated hypospadias, and only 30% of hypospadias cases have a definite genetic cause, with 10% having familial clustering. In the few monogenic cases, the inheritance patterns follow all classical schemes. The diagnostic yield by molecular genetics is unknown.

Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5012964/

 

Synonyms
  • Allelic: Androgen insensitivity (AR)
  • Allelic: Androgen insensitivity, partial, with/-out breast cancer (AR)
  • Allelic: Basal cell nevus syndrome (PTCH1)
  • Allelic: Holoprosencephaly 7 (PTCH1)
  • Allelic: Prostate cancer, susceptibility to (AR)
  • Allelic: Spinal + bulbar muscular atrophy of Kennedy (AR)
  • 17,20-lyase deficiency, isolated (CAP17A1)
  • 17-alpha-hydroxylase/17,20-lyase deficiency (CYP17A1)
  • 46XX sex reversal 1 (SRY)
  • 46XY gonadal dysgenesis with minifascicular neuropathy (DHH)
  • 46XY sex reversal 1 (SRY)
  • 46XY sex reversal 2, dosage-sensitive (NR0B1)
  • 46XY sex reversal 6 (MAP3K1)
  • 46XY sex reversal 7 (DHH)
  • ADULT {Acro-Dermato-Ungual-Lacrimal-Tooth} syndrome (TP63)
  • Adrenal hyperplasia, congenital, due to 3-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 2 deficiency (HSD3B2)
  • Adrenal hypoplasia, congenital (NR0B1)
  • Adrenal insufficiency, congenital, with 46XY sex reversal, partial or complete (CYP11A1)
  • Allelic: Luteinizing hormone resistance, female (LHCGR)
  • Alpha-thalassemia/mental retardation syndrome (ATRX)
  • Antley-Bixler syndrome with genital anomalies + disordered steroidogenesis (POR)
  • Bardet-Biedl syndrome 6 (MKKS)
  • Beckwith-Wiedemann syndrome (CDKN1C)
  • Cardiac-urogenital syndrome (MYRF)
  • Cornelia de Lange syndrome 1 (NIPBL)
  • Cornelia de Lange syndrome 3 (SMC3)
  • Cornelia de Lange syndrome 4 (RAD21)
  • Cornelia de Lange-like syndrome [MONDO:0016033] (BRD4)
  • Developmental delay, hypotonia, musculoskeletal defects + behavioral abnormalities (SRCAP)
  • Disordered steroidogenesis due to cytochrome P450 oxidoreductase (POR)
  • Ectrodactyly, ectodermal dysplasia + cleft lip/palate syndrome 3 (TP63)
  • Encephalitis/encephalopathy, mild, with reversible myelin vacuolization (MYRF)
  • Floating-Harbor syndrome (SRCAP)
  • Genitourinary and/or brain malformation syndrome (PPP1R12A)
  • Glass syndrome (SATB2)
  • Glutaric acidemia IIA (ETFA)
  • Glutaric acidemia IIB (ETFB)
  • Glutaric acidemia IIC (ETFDH)
  • Guttmacher syndrome (HOXA13)
  • Hand-foot-uterus syndrome (HOXA13)
  • Hay-Wells syndrome (TP63)
  • Hypospadias 1, XL (AR)
  • Hypospadias 2, XL (MAMLD1)
  • IMAGe syndrome (CDKN1C)
  • Kabuki syndrome 1 (KMT2D)
  • Kabuki syndrome 2 (KDM6A)
  • Leydig cell hypoplasia with hypergonadotropic hypogonadism (LHCGR)
  • Leydig cell hypoplasia with pseudohermaphroditism (LHCGR)
  • Limb-mammary syndrome (TP63)
  • McKusick-Kaufman syndrome (MKKS)
  • Mental retardation-hypotonic facies syndrome, XL (ATRX)
  • Mowat-Wilson syndrome (ZEB2)
  • Mungan syndrome (RAD21)
  • Neurodevelopmental disorder with/-out anomalies of brain, eye or heart (RERE)
  • Nonsyndromic 46XY disorders of testicular development [genereviews] (DMRT1)
  • Opitz GBBB syndrome, type I (MID1)
  • Orofacial cleft 8 (TP63()
  • Precocious puberty, male (LHCGR)
  • Pseudohermaphroditism, male, with gynecomastia (HSD17B3)
  • Pseudovaginal perineoscrotal hypospadias (SRD5A2)
  • Rapp-Hodgkin syndrome (TP63)
  • STAR syndrome (FAM58A)
  • Simpson-Golabi-Behmel syndrome, type 1 (GPC3)
  • Smith-Lemli-Opitz syndrome (DHCR7)
  • Split-hand/foot malformation 4 (TP63)
  • Squalene synthase deficiency (FDFT1)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
  • XL
  • XLR
  • YL
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.