IllnessCowden syndrome, differential diagnosis

Summary

Short information

Comprehensive differential diagnostic panel for Cowden syndrome comprising 1 guideline-curated core gene and 6 guideline-curated core candidate genes as well as altogether 15 curated genes according to the clinical signs

CP0070

Number of loci

Locus type	Count
Gen	15

Accredited laboratory test

Examined sequence length

15,7 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
33,4 kb (Extended panel: incl. additional genes)

Analysis Duration

on request

Test material

EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)

Diagnostic indications

NGS +

[Sanger]

Loci

Gen

Name	Exon Length (bp)	OMIM-G	Referenz-Seq.	Heredity
AKT1	1443	164730	NM_005163.2	AD
BMPR1A	1599	601299	NM_004329.3	AD
NF1	8457	613113	NM_001042492.3	AD
PTEN	1212	601728	NM_000314.8	AD
SMAD4	1659	600993	NM_005359.6	AD
STK11	1302	602216	NM_000455.5	AD
FLCN	1740	607273	NM_144997.7	SMu
PIK3CA	3207	171834	NM_006218.4	AD
PTCH1	4344	601309	NM_000264.5	AD
SDHB	843	185470	NM_003000.3	AD
SDHC	510	602413	NM_003001.5	AD
SDHD	480	602690	NM_003002.4	AD
SEC23B	2304	610512	NM_006363.6	AD
SUFU	1455	607035	NM_016169.4	AD, AR
WWP1	2792	No OMIM-Gs linked	NM_007013.4	AD

Informations about the disease

Clinical Comment

Cowden syndrome is a genodermatosis characterised by multiple hamartomas in different tissues and an increased risk of malignant tumours of the breast, thyroid, endometrium, kidney and colon rectum. Disease manifestations usually appear between the second and third decade of life, but can occur at any age. 25% of cases are caused by germ line mutations in the phosphatase and tensin homologue gene (PTEN). Other etiologies include germ line promoter methylation of the KLLN gene (30% of PTEN negative cases), mutations in the SDHB, SDHC or SDHD genes (10% of cases) and mutations in the AKT1 and PIK3CA genes (10% of cases).

Reference: https://www.orpha.net/consor/cgi-bin/Disease_Search.php?lng=EN&data_id=243

Synonyms

Alias name: Cowden disease 1 (PTEN)
Alias name: Multiple C; PTEN hamartoma syndrome (PTEN)
Alias name: Multiple hamartoma syndrome (PTEN)
Alias: PHTS, PTEN-Hamartom-Tumor-Syndrom (PTEN)
Allelic: Apparently isolated Lhermitte-Duclos disease (PTEN)
Allelic: Dyserythropoietic anemia, congenital, type II (SEC23B)
Allelic: Gastrointestinal stromal tumor (SDHB)
Allelic: Holoprosencephaly 7 (PTCH1)
Allelic: Joubert syndrome 32 (SUFU)
Allelic: Leukemia, juvenile myelomonocytic (NF1)
Allelic: Macrocephaly, pseudopapilledema, multiple hemangiomata (PTEN)
Allelic: Macrocephaly/autism syndrome (PTEN)
Allelic: Medulloblastoma, desmoplastic (SUFU)
Allelic: Melanoma, malignant, somatic (STK11)
Allelic: Meningioma, familial, susceptibility to (SUFU)
Allelic: Myhre syndrome (SMAD4)
Allelic: Neurofibromatosis, familial spinal (NF1)
Allelic: Pancreatic cancer, somatic (SMAd4
Allelic: Pancreatic cancer, somatic (STK11)
Allelic: Paraganglioma + gastric stromal sarcoma (SDHB)
Allelic: Paragangliomas 4 (SDHB)
Allelic: Pheochromocytoma (SDHB)
Allelic: Pneumothorax, primary spontaneous (FLCN)
Allelic: Renal carcinoma, chromophobe, somatic (FLCN)
Allelic: Testicular tumor, somatic (STK11)
Allelic: Watson syndrome (NF1)
Bannayan-Riley-Ruvalcaba syndrome, Bannayan-Zonana syndrome (PTEN)
Basal cell carcinoma, somatic (PTCH1)
Basal cell nevus syndrome (PTCH1)
Basal cell nevus syndrome (SUFU)
Birt-Hogg-Dube syndrome (FLCN)
Breast cancer, somatic (AKT1)
Breast cancer, somatic (PIK3CA)
CLAPO [Lopez-Gutierrez] syndrome, somatic (PIK3CA)
CLOVE [Cong. Lipomatous Overgrowth, Vascular Malformations, Epid. nevi] syndrome, somatic (PIK3CA)
Carcinoid tumors, intestinal (SDHD)
Colorectal cancer, somatic (AKT1)
Colorectal cancer, somatic (FLCN)
Colorectal cancer, somatic (PIK3CA)
Cowden syndrome 1 (PTEN)
Cowden syndrome 2 (SDHB)
Cowden syndrome 3 (SDHD)
Cowden syndrome 4 (KLLN; methylation lost)
Cowden syndrome 5 (PIK3CA)
Cowden syndrome 6 (AKT1)
Cowden syndrome 7 (SEC23B)
Dysplastic gangliocytoma of cerebellum (PTEN)
Endometrial carcinoma, somatic (PTEN)
Gastric cancer, somatic (PIK3CA)
Gastrointestinal stromal tumor (SDHC)
Hepatocellular carcinoma, somatic (PIK3CA)
Juvenile polyposis of infancy, germline deletion (BMPR1A + PTEN)
Juvenile polyposis/hereditary hemorrhagic telangiectasia syndrome (SMAD4)
Keratosis, seborrheic, somatic (PIK3CA)
Macrodactyly, somatic (PIK3CA)
Malignant melanoma, somatic (PTEN)
Megalencephaly-capillary malformation-polymicrogyria syndrome, somatic (PIK3CA)
Merkel cell carcinoma, somatic (SDHD)
Neurofibromatosis, type 1 (NF1)
Neurofibromatosis-Noonan syndrome (NF1)
Nevus, epidermal, somatic (PIK3CA)
Nonsmall cell lung cancer, somatic (PIK3CA)
Ovarian cancer, somatic (AKT1)
Ovarian cancer, somatic (PIK3CA)
Paraganglioma + gastric stromal sarcoma (SDHC)
Paraganglioma + gastric stromal sarcoma (SDHD)
Paragangliomas 1, with/-out deafness (SDHD)
Paragangliomas 3 (SDHC)
Peutz-Jeghers syndrome (STK11)
Pheochromocytoma (SDHD)
Polyposis syndrome, hereditary mixed, 2 (BMPR1A)
Polyposis, juvenile intestinal (BMPR1A)
Polyposis, juvenile intestinal (SMAD4)
Prostate cancer, somatic (PTEN)
Proteus syndrome, somatic (AKT1)
Riley-Smith syndrome (PTEN)
Ruvalcaba-Myhre-Smith syndrome (PTEN)
Squamous cell carcinoma, head and neck, somatic (PTEN)
Thyroid carcinoma, follicular, somatic (PTEN)

Heredity, heredity patterns etc.

OMIM-Ps

Multiple OMIM-Ps

ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

DAkkS-akkreditiertes Labor
EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
Gen-Konversionen
komplexe Inversionen
Balancierte Translokationen
Mitochondriale Varianten
Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
niedriger Mosaik-Status
Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
Varianten innerhalb von Pseudogenen
die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.
Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.
Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.
Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.