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Interdisciplinary CompetenceMolecular Diagnostics
Know how in the analysis of genetic material.
For the benefit of patients.

IllnessHypophosphatasia, adult, infantile, perinatal lethal; differential diagnosis

Summary

Short information

Curated single gene sequence analysis according to the clinical suspicion Hypophosphatasia, adult, infantile, perinatally lethal

ID
HP8274
Number of genes
13 Accredited laboratory test
Examined sequence length
1,6 kb (Core-/Core-canditate-Genes)
31,1 kb (Extended panel: incl. additional genes)
Analysis Duration
on request
Material
  • EDTA-anticoagulated blood (3-5 ml)
Diagnostic indications

NGS +

Sanger

 

Gene panel

Selected genes

NameExon Length (bp)OMIM-GReferenz-Seq.Heredity
ALPL1575NM_000478.6AD, AR
C1R1884NM_001733.7AD
COL1A14395NM_000088.4AD
COL1A24101NM_000089.4AD
COL3A14401NM_000090.4AD, AR
CTSC426NM_001114173.3AR
ELANE804NM_001972.4AD
FGFR32421NM_000142.5AD
LIFR3294NM_002310.6AR
P4HB1540NM_000918.4AD
RUNX21566NM_001024630.4AD
SEC24D3099NM_014822.4AD
SOX91530NM_000346.4AD

Informations about the disease

Clinical Comment

Hypophosphatasia (HPP) manifests itself in six different clinical forms of varying degrees of severity. Perinatal lethal HPP is associated with significant hypomineralisation, leading to hypercalcemia and respiratory failure. Prenatal benign HPP is associated with fetal skeletal manifestations. Fetal HPP is characterised by rickets and bone fragility. In adults, HPP is associated with early loss of adult dentition and stress fractures of the lower limbs in middle age. In its mildest form, only non-specific signs such as muscular and skeletal pain or osteoporosis can occur in adults. Finally, OdontoHPP includes premature exfoliation of the milk teeth and/or severe dental caries. The perinatal form is almost always fatal within days or weeks. Respiratory complications lead to high mortality rates in the infantile form. It is not assumed that life expectancy is affected in the infantile and adult form or in OdontoHPP. HPP is caused by mutations in the ALPL gene coding for alkaline phosphatase. Perinatal and severe infantile HPP are typically inherited as autosomal recessive traits. Prenatal benign, moderate infantile, infantile HPP, adult HPP and odontoHPP can be inherited autosomal recessively or autosomal dominantly. The less severe the disease is, the more likely it is to be inherited as dominant. The range of inheritance patterns partly explains the clinical heterogeneity.

Reference: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1150/

 

Synonyms
  • Alias: Phosphoethanolaminuria
  • Alias: Rathbun disease
  • Acampomelic campomelic dysplasia (SOX9)
  • Bone mineral density variation QTL, osteoporosis (COL1A1)
  • Caffey disease (COL1A1)
  • Campomelic dysplasia (SOX9)
  • Campomelic dysplasia with autosomal sex reversal (SOX9))
  • Cleidocranial dysplasia (RUNX)
  • Cleidocranial dysplasia, forme fruste, dental anomalies only (RUNX)
  • Cleidocranial dysplasia, forme fruste, with brachydactyly (RUNX)
  • Cole-Carpenter syndrome 1 (P4HB)
  • Cole-Carpenter syndrome 2 (SEC24D)
  • Combined osteogenesis imperfecta + Ehlers-Danlos syndrome 1 (COL1A1)
  • Combined osteogenesis imperfecta and Ehlers-Danlos syndrome 2 (COL1A2)
  • Deafness, AD 39, with dentinogenesis (DSPP)
  • Dentinogenesis imperfecta, Shields type II, III (DSPP)
  • Ehlers-Danlos syndrome, arthrochalasia type, 1 (COL1A1)
  • Ehlers-Danlos syndrome, arthrochalasia type, 2 (COL1A2)
  • Ehlers-Danlos syndrome, periodontal type, 1 (C1R)
  • Ehlers-Danlos syndrome, vascular type (COL3A1)
  • Haim-Munk syndrome (CTSC)
  • Hajdu-Cheney syndrome (NOTCH2)
  • Hypophosphatasia, adult, childhood, infantile (ALPL)
  • Neutropenia, severe congenital 1, AD [ELANE-related] (ELANE)
  • Odontohypophosphatasia (ALPL)
  • Osteogenesis imperfecta, type I, II, III, IV (COL1A1)
  • Osteogenesis imperfecta, type II, III, IV (COL1A2)
  • Papillon-Lefevre syndrome (CTSC)
  • Stuve-Wiedemann syndrome/Schwartz-Jampel type 2 syndrome (LIFR)
  • Thanatophoric dysplasia, type I, II (FGFR3)
Heredity, heredity patterns etc.
  • AD
  • AR
OMIM-Ps
  • Multiple OMIM-Ps
ICD10 Code

Bioinformatics and clinical interpretation

Test-Stärken

  • DAkkS-akkreditiertes Labor
  • EU-Richtlinie für IVD in Umsetzung
  • Qualitäts-kontrolliert arbeitendes Personal
  • Leistungsstarke Sequenzierungstechnologien, fortschrittliche Target-Anreicherungsmethoden und Präzisions-Bioinformatik-Pipelines sorgen für überragende analytische Leistung
  • Sorgfältige Kuratierung klinisch relevanter und wissenschaftlich begründeter Gen-Panels
  • eine Vielzahl nicht Protein-kodierender Varianten, die in unseren klinischen NGS-Tests mit erfasst werden
  • unser strenges Variantenklassifizierungsschema nach ACMG-Kriterien
  • unser systematischer klinischer Interpretations-Workflow mit proprietärer Software ermöglicht die genaue und nachvollziehbare Verarbeitung von NGS-Daten
  • unsere umfassenden klinischen Aussagen

Testeinschränkungen

  • Gene mit eingeschränkter Abdeckung werden gekennzeichnet
  • Gene mit kompletten oder partiellen Duplikationen werden gekennzeichnet
  • es wird angenommen, dass ein Gen suboptimal abgedeckt ist, wenn >90% der Nukleotide des Gens bei einem Mapping-Qualitätsfaktor von >20 (MQ>20) nicht abgedeckt sind
  • die Sensitivität der Diagnostik zur Erkennung von Varianten mit genannten Testeinschränkungen ist möglicherweise begrenzt bei:
  • Gen-Konversionen
  • komplexe Inversionen
  • Balancierte Translokationen
  • Mitochondriale Varianten
  • Repeat-Expansionen, sofern nicht anders dokumentiert
  • nicht kodierende Varianten, die Krankheiten verursachen, die von diesem Panel nicht mit abgedeckt werden
  • niedriger Mosaik-Status
  • Repeat-Blöcke von Mononukleotiden
  • Indels >50bp (Insertionen-Deletionen)
  • Deletionen oder Duplikationen einzelner Exons
  • Varianten innerhalb von Pseudogenen
  • die analytische Sensitivität kann geringer ausfallen werden, wenn die DNA nicht von amedes genetics extrahiert wurde

Laboratory requirement

  • Die in grün gezeigten Gene sind kuratiert und werden als Gen-Panel untersucht. Eine Erweiterung des Panels (blau gezeigte Gene, jeweils ebenfalls kuratiert) kann auf Anfrage erfolgen. Sofern unter "Erweitertes Panel" ein Minuszeichen angezeigt wird, sind nur Core-/Basis-Gene verfügbar.

  • Für die Anforderung einer genetischen Untersuchung senden Sie uns bitte die Krankheits-ID auf einem Überweisungsschein. Bitte die Material-Angabe beachten.

  • Für privat versicherte Patienten empfehlen wir einen Antrag auf Kostenübernahme bei der Krankenversicherung.

  • Die Untersuchung wird auch für Selbstzahler angeboten.